水垢对太阳能主要有以下4方面的害处：

1、集热效率下降，水垢的导热系数达不到金属的百分之一，结了垢的集热管传热极慢，热水温度低；集热管吸热后不能及时移出，镀层易过热，影响真空管使用寿命；

2、探头传感器易失灵，水位检测信号失真，电热管传热差，易爆管；

3、热水混浊，不清洁，水垢含有少量的“硝酸盐和亚硝酸盐”，对人体有毒、有害（致癌物），即所谓“千滚水有毒喝不得”。水垢是细菌繁殖、生长的兹生地，热水中含有大量的细菌，使人体出现过敏现象；

4、易腐蚀，水箱内胆结有水垢后，易形成垢下腐蚀，水箱易烂穿漏水。
另外，水垢胶结时，也常常会附着大量重金属离子，如果该容器用于盛装饮用水，会有重金属离子过多溶于饮水的风险。