任何一种东西，都不是绝对的，没有绝对的好，没有绝对的坏。氢气的优势在于安全系数高，但并不是绝对没有副作用，虽然非常罕见，但也一定会有极少数人出现一些副作用。

研究氢气医学效应以来，有许多人感觉氢气作用似乎万能，确实研究发现氢气对多种疾病具有治疗效果，但我反复讲，世界上绝对没有万能药，氢气也不是万能药。

宣传氢气医学，但不能过度神化氢气的效应，也不能否定可能存在副作用。

一方面氢气作用广泛，学者们也惊奇地发现氢气有另外一个特点，就是氢气对正常人似乎没有作用，当然这也是氢气安全无毒的一个表现。从医学药物学研究普遍规律来考虑，任何有疾病治疗作用的物质，往往能在大剂量表现出毒性效应，为什么氢气对健康人就没有作用，这是氢气医学研究中的一个非常奇怪的现象。

有一种解释是，氢气溶解度比较小，一般使用情况下，还没有达到产生副作用的剂量。但是，高压呼吸氢气进行潜水作业也没有发现氢气对潜水员产生长期毒性效应。所以剂量不足的解释并不是那么合理。

高压呼吸氢气实际上是氢气安全无毒的一个关键证据，另外人体肠道内细菌不断代谢产生氢气，国际学术界对氢气毒性的认识认为是一种单纯窒息性气体，就是说只要不会因为氢气太多导致氧气不足就不会导致人体的危害，单纯窒息性气体是对气体的生物安全性最大的表示语句。

很重要的一个证据是，已经有大量呼吸氢气和饮用氢水的使用者，也都没有发现氢气存在毒性的现象，这也进一步验证了氢气安全的观点。

虽然说氢气的安全性非常高，但并不是说绝对不会产生副作用。例如有一些人刚开始饮用氢水会放屁比较多，也有少数人大便次数增加，极少数人会出现腹泻的情况，这种情况一般是一过性，会很快恢复正常。导致这种现象的原因是氢气对肠道蠕动有促进作用。

另外有非常个别的人出现心悸的情况，这可能意味着氢气对神经或心肌细胞兴奋性有一定影响。出现这种罕见情况，目前建议不要继续尝试。